Le matériau de lavage usagé est ensuite recueilli avec l'eau de lavage, qui peut être stockée ou éliminée immédiatement comme l'effluent. L'effluent nettoyé est évacué du système et rejeté dans l'atmosphère.
Le matériau de lavage est choisi pour sa capacité à éliminer des impuretés spécifiques - telles que les SOx ou les NOx - par des réactions chimiques. Pour la désulfuration, les épurateurs marins utilisent de la chaux ou de la soude caustique afin de produire des sels à base de soufre après traitement, qui peuvent être facilement évacués car ils sont sans danger pour l'environnement.
En raison de leur nature alcaline, les laveurs peuvent utiliser de l'eau de mer, de l'eau douce additionnée de sorbants de calcium/sodium ou des granulés de chaux hydratés comme milieu de lavage. Sur la base de leur fonctionnement, les laveurs marins peuvent être classés en versions humides et sèches.
