Het wordt in de tandheelkunde en orthodontie veelvuldig als etsoplossing voor tandheelkundige hulpmiddelen en vullingen gebruikt. Fosforzuur van voedselkwaliteit wordt gebruikt voor het verzuren van voedsel en dranken zoals diverse cola's en jams. Het wordt ook gebruikt als ontsmettingsmiddel in de zuivel- en levensmiddelenindustrie en in brouwerijen. Ook wordt het veel toegepast als pH-regelaar in cosmetica- en huidverzorgingsproducten.