Wäschersysteme mit offenem Kreislauf verwenden Meerwasser als Wasch- und Neutralisierungsmedium; zusätzliche Chemikalien sind nicht erforderlich. Der Abgasstrom aus dem Motor oder Kessel gelangt in den Marinewäscher und wird nur mit alkalischem Seewasser behandelt – das Volumen dieses Meerwassers hängt von der Größe des Motors und seiner Leistung ab. Dieses System ist äußerst effektiv, erfordert aber eine große Pumpleistung, da es eine große Menge Seewasser verwendet.
Ein System mit offenem Kreislauf funktioniert gut, wenn das für die Reinigung verwendete Seewasser über eine ausreichende Alkalität verfügt, aber Seewasser mit einer hohen Umgebungstemperatur sowie Süß- oder Brackwasser sind nicht effektiv und können nicht verwendet werden. Aus diesen Gründen wird ein Marinewäscher mit offenem Kreislauf nicht als geeignete Technologie für Gebiete wie die Ostsee angesehen, in denen der Salzgehalt nicht hoch ist.
Wäschersysteme mit geschlossenem Kreislauf funktionieren nach ähnlichen Prinzipien wie das System mit offenem Kreislauf: Es verwendet Süßwasser, das mit einer Chemikalie (in der Regel Natriumhydroxidlösung) behandelt wurde, anstelle von Seewasser als Waschmedium.Das SOx aus dem Abgasstrom wird in harmloses Natriumsulfat umgewandelt. Bevor das Waschwasser aus einem geschlossenen Kreislaufsystem zur Verwendung zurückgeführt wird, wird es in einem Prozessbehälter gereinigt.
Schiffe können entweder Frischwasser in Tanks mitführen oder das benötigte Wasser durch Frischwassergeneratoren an Bord erzeugen. Kleine Mengen von Waschwasser werden in regelmäßigen Abständen in Sammeltanks abgeleitet, denen Frischwasser hinzugefügt werden kann, um die Bildung von Natriumsulfat im System zu vermeiden.
Ein System mit geschlossenem Kreislauf benötigt fast die Hälfte des Volumens an Waschwasser im Vergleich zur Version mit offenem Kreislauf, allerdings benötigt das System mehr Tanks. Dazu gehören ein Aufbereitungs- oder Puffertank, ein Auffangtank, über den die Ableitung ins Meer verboten ist, sowie ein Lagertank, der seine Temperatur zwischen 20 ºC und 50 ºC für die Natriumhydroxidlösung, die in der Regel als 50 %ige wässrige Lösung verwendet wird, regeln kann.